사회적관심 판례
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[법인세]구 국세기본법 시행령 제12조의3 제2항 제3호는 납세의무자가 일정한 의무를 이행할 것을 조건으로 세액공제 등의 혜택을 받은 후 당초의 의무를 이행하지 않아 과세관청이 공제세액 등을 추징하는 경우나 이에 준하는 경우에만 적용되는 규정인지 여부, 대법원 2022. 11. 17. 선고 2019두51512 판결 〔법인세경정고지처분취소〕
- 작성일
- 2023.01.12
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[법인세]구 국세기본법 시행령 제12조의3 제2항 제3호는 납세의무자가 일정한 의무를 이행할 것을 조건으로 세액공제 등의 혜택을 받은 후 당초의 의무를 이행하지 않아 과세관청이 공제세액 등을 추징하는 경우나 이에 준하는 경우에만 적용되는 규정인지 여부, 대법원 2022. 11. 17. 선고 2019두51512 판결 〔법인세경정고지처분취소〕
[1] 구 법인세법 제25조 제1항 제1호에서 정한 중소기업인 甲 주식회사는 2006
사업연도에 결손금이 발생하자 구 법인세법 제72조 제1항에 따라 결손금의
소급공제에 의한 환급을 신청하여 2005 사업연도의 법인세액을 한도로 계산
한 금액을 환급받았는데, 이후 甲 회사에 대한 파산선고로 선임된 파산관재
인이 2005 사업연도 법인세의 과세표준과 세액에 영향을 미치는 법원의 화해
권고결정이 확정되었다는 이유로 2005 사업연도 법인세의 환급을 구하는 취
지의 후발적 경정청구로 환급을 받자, 관할 세무서장이 결손금 소급공제 환
급세액 계산의 기초가 된 2005 사업연도 법인세액이 달라져 과다하게 환급된
결과가 되었다는 이유로, 구 법인세법 제72조 제5항, 구 법인세법 시행령 제
110조 제5항, 제6항에 따라 환급세액과 그 이자 상당액을 2006 사업연도 법
인세로 경정․고지한 사안에서, 위 처분은 2006 사업연도 법인세의 부과 및
징수처분에 해당하고 그에 관한 부과제척기간이 경과하여 위법하다고 한 사례
[2] 구 국세기본법 시행령 제12조의3 제2항 제3호는 납세의무자가 일정한 의무를
이행할 것을 조건으로 세액공제 등의 혜택을 받은 후 당초의 의무를 이행하
지 않아 과세관청이 공제세액 등을 추징하는 경우나 이에 준하는 경우에만
적용되는 규정인지 여부(적극)
[1] 구 법인세법(2008. 12. 26. 법률 제9267호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제25조 제1항 제1호에서 정한 중소기업인 甲 주식회사는 2006 사업연도에 결손
금이 발생하자 구 법인세법 제72조 제1항에 따라 결손금의 소급공제에 의한
환급을 신청하여 2005 사업연도의 법인세액을 한도로 계산한 금액을 환급받
았는데, 이후 甲 회사에 대한 파산선고로 선임된 파산관재인이 2005 사업연
도 법인세의 과세표준과 세액에 영향을 미치는 법원의 화해권고결정이 확정
되었다는 이유로 2005 사업연도 법인세의 환급을 구하는 취지의 후발적 경정
청구로 환급을 받자, 관할 세무서장이 결손금 소급공제 환급세액 계산의 기
초가 된 2005 사업연도 법인세액이 달라져 과다하게 환급된 결과가 되었다는
이유로, 구 법인세법 제72조 제5항, 구 법인세법 시행령(2009. 2. 4. 대통령령
제21302호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제110조 제5항, 제6항에 따라 환
급세액과 그 이자 상당액을 2006 사업연도 법인세로 경정⋅고지한 사안에서,
국가가 납세의무자에 대한 조세채권으로 징수절차에 나아가기 위해서는 그
납세의무의 내용을 구체적으로 확인하는 확정절차로서 납세의무자의 신고행
위나 과세권자의 결정⋅경정 등의 부과처분이 필요한 점, 법인세 납부의무는
관할 세무서장이 직전 사업연도 법인세액의 감소 등 그 요건의 충족 여부를
판단하여 환급세액을 재결정한 후 과다환급세액 및 그에 대한 이자 상당액을
계산하여 세액을 확정하는 절차를 거쳐야 비로소 구체적 조세채무로 확정되
는 점, 구 국세기본법(2017. 12. 19. 법률 제15220호로 개정되기 전의 것) 제51
조 제8항에 따른 국세환급금의 환수와 구 법인세법 시행령 제110조 제6항 등
에 따른 환급세액의 환수는 그 부과 또는 징수하는 세액의 계산방법, 환수절
차 등에서 서로 구분되므로, 구 법인세법 시행령 제110조 제6항 등에 따른
위 처분이 구 국세기본법 제51조 제8항에 따라 국세징수법이 준용되는 징수
처분에 해당한다고 볼 수도 없는 점 등을 종합하면, 위 처분은 2006 사업연
도 법인세의 부과 및 징수처분에 해당하고 그에 관한 부과제척기간이 경과하
여 위법하다고 한 사례.
[2] 구 국세기본법 시행령(2009. 2. 6. 대통령령 제21316호로 개정되기 전의 것,
이하 같다) 제12조의3은 부과제척기간의 기산일을 ‘세액을 신고하는 국세’의
경우 원칙적으로 ‘당해 국세의 과세표준과 세액에 대한 신고기한 또는 신고
서 제출기한의 다음 날’로 하되(제1항 제1호), ‘공제⋅면제⋅비과세 또는 낮은
세율의 적용 등에 따른 세액을 의무불이행 등의 사유로 인하여 징수하는 경
우’에는 제1항의 규정에도 불구하고 ‘당해 공제세액 등을 징수할 수 있는 사
유가 발생한 날’로 정하고 있다(제2항 제3호).
이러한 관련 규정의 문언과 체계 및 입법 취지, 조세법규에 대한 엄격해석
의 원칙 등을 종합적으로 고려하면, 구 국세기본법 시행령 제12조의3 제2항
제3호는 납세의무자가 일정한 의무를 이행할 것을 조건으로 세액공제 등의
혜택을 받은 후 당초의 의무를 이행하지 않아 과세관청이 공제세액 등을 추
징하는 경우나 이에 준하는 경우에만 적용되는 규정으로 보아야 한다.
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